梅州城区（今梅江区）原是程乡县治所在地，向称梅城。南朝齐置程乡县至北宋初设梅州，500多年间，州、县皆无城。北宋皇祐四年（1052）始在今梅城江北筑土城，周围长450.3丈（约1499米）。明洪武十八年（1385）拆西城垣，扩辟县城，周围长985丈（约3280米）。

      清雍正十一年（1733），程乡升为直隶嘉应州。

      清末，嘉应州城区扩大，辖东街、西街2个堡。东街辖一甲至十甲及金山甲、攀桂坊，西街辖一甲至十甲及曾井甲、红杏坊、社甸甲、百果围和乌廖沙。

      民国元年（1912），嘉应州改为梅县后，县城仍辖东街、西街2个堡。民国20年（1931），由堡改为区乡，县城辖地有附城镇、城内、忠孝里、百果围、黄坭墩、红杏坊、下圣母、乌廖沙乡。民国26年（1937），梅县整编区乡，县城称为梅城镇。

      1949年5月，梅县解放，在设置新政区时，县城仍称梅城，政区则称城内区。1950年3月，复称梅城镇。

      1958年9—11月，实行公社化，梅城镇改称梅城卫星人民公社。1959年1月，改名梅城人民公社。

      1975年8月，梅城镇改为梅州镇（仍隶属梅县）。1978年12月，梅州镇从梅县分出，由区级升格为县级，改称梅州市，隶属梅县地区管辖。1982年，梅州市基层政区设东区、中区、西区、南区4个办事处和东郊、西郊、江南、梅江4个公社，下辖32个居民委员会、29个生产大队、395个生产队。

      1983年6月，梅县和梅州市合并，称梅州市。9月，改称梅县市。县市合并后，江南公社撤销，并入南区，在城区设南区、东区、中区、西区。

      1983年11月，基层政权人民公社建制撤销，恢复区乡村制，取消人民公社名称，以原有公社改为区，设区公所。生产大队或联队改为乡，设乡人民政府；按农民居住聚落点和自然村建立村民委员会，作为基层群众性自治组织。梅县市共设31个农村区、4个市区街道办事处、1个直辖区级镇；区以下设271个乡、10个乡级镇、34个居委会；乡以下设849个村。

      1987年4月，区、小乡建制撤销，改设乡（镇）制。梅县共设10个乡、22个镇、4个市区街道办事处（8月增设北区，共5个市区）。下辖451个村、61个居民委员会、5395个村民小组。

      1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市；3月，梅县市建制撤销，原梅县市的行政区分设为梅县和县级梅江区，梅江区由原梅县市城区5个办事处（金山、东山、黄塘、五洲、江南）和城郊5个乡镇（城北、东郊、西郊乡和长沙、三角镇）组建而成，为梅州市直辖县级区，治所在梅城江北仲元东路51号。

      1989年，黄塘办事处因城区有上黄塘、下黄塘、黄塘居委会等名称，容易混淆，经省政府批准，将黄塘办事处改名城西办事处。

      1998年，按省政府规定，理顺农村基层管理体制，撤销管理区办事处，设立村民委员会。全区60个管理区改设60个行政村。

      1999年，经省政府批准，撤销城北乡、东郊乡、西郊乡建置，设立城北镇、东郊镇、西郊镇。

      2002年7月，经省政府批准，梅江区部分镇、办事处行政区划进行调整。撤销东山街道办事处、东郊镇将其行政区域并入金山街道，撤销西郊镇、城西街道办事处，设立西郊街道，撤销五洲街道办事处，将其行政区域并入城北镇。调整后，梅江区辖长沙、三角和城北3个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖54个行政村和38个社区。

      2007年，江南街道新设鸿都社区。设立后，梅江区辖长沙、三角和城北3个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖54个行政村和39个社区。

      2012年9月23日，经省人民政府同意，省民政厅印发《广东省民政厅关于同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖的批复》，同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖。调整后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和42个社区。

      2014年7月，三角镇新设客天下社区，三乡社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和44个社区。

      2015年1月，金山街道新设碧桂园社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和45个社区。

      2018年9月，金山街道新设群福社区，三角镇新设同心社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和47个社区。

      2019年12月，三角镇新设龙东社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和48个社区。

      2022年12月，梅江区人民政府印发《梅州市梅江区人民政府关于设立梅州市梅江区三角镇利园社区居民委员会和梅州市梅江区西郊街道瑞兴社区居民委员会的批复》，同意三角镇新设利园社区，西郊街道新设瑞兴社区。2023年8月，利园社区居民委员会完成选举。2024年1月，瑞兴社区居民委员会完成选举。2个社区居民委员会完成选举后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和50个社区。