1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市；3月，梅县市建置撤销，原梅县市的行政区分设为梅县和县级梅江区，梅江区由原梅县市城区5个办事处（金山、东山、黄塘、五洲、江南）和城郊5个乡镇（城北、东郊、西郊乡和长沙、三角镇）组建而成，为梅州市直辖县级区，治所在梅城江北仲元东路51号。

　　1989年，黄塘办事处因城区有上黄塘、下黄塘、黄塘居委等名称，容易混淆，经省政府批准，将黄塘办事处改名城西办事处。

　　1998年，按省政府规定，理顺农村基层管理体制，撤销管理区办事处，设立村民委员会。全区60个管理区改设60个行政村。

　　1999年，经省政府批准，撤销城北乡、东郊乡、西郊乡建置，设立城北镇、东郊镇、西郊镇。

　　2002年7月，经省政府批准，梅江区部分镇、办事处行政区划进行调整。撤销东山街道办事处、东郊镇将其行政区域并入金山街道，撤销西郊镇、城西街道办事处，设立西郊街道，撤销五洲街道办事处，将其行政区域并入城北镇。调整后，梅江区辖长沙、三角和城北3个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖54个行政村和38个社区。

　　2012年9月23日，经省人民政府同意，省民政厅印发《广东省民政厅关于同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖的批复》，同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖。调整后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和42个社区。

　　2014年7月，三角镇新设客天下社区，三乡社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和44个社区。

　　2015年1月，金山街道新设碧桂园社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和45个社区。

　　2018年9月，金山街道新设群福社区，三角镇新设同心社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和47个社区。

　　2019年12月，三角镇新设龙东社区。设立后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和48个社区。

　　2022年12月，梅江区人民政府印发《梅州市梅江区人民政府关于设立梅州市梅江区三角镇利园社区居民委员会和梅州市梅江区西郊街道瑞兴社区居民委员会的批复》，同意三角镇新设利园社区，西郊街道新设瑞兴社区。2023年8月，利园社区居民委员会完成选举。2024年1月，瑞兴社区居民委员会完成选举。2个社区居民委员会完成选举后，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和金山、西郊、江南3个街道，下辖81个行政村和50个社区。