梅州城区原是程乡县（今梅江区）治所在地，向称梅城。南朝齐置程乡县至宋初设梅州500多年间，州、县皆无城。宋皇祐四年（1052）始在今梅城江北筑土城，周围长450.3丈（约1499米）。明洪武十八年（1385）拆西城垣，扩辟县城，周围长985丈（约3250米）。清雍正十一年（1733），程乡升为直隶嘉应州。清末，嘉应州城区扩大。辖东街、西街2堡。东街辖一甲至十甲及金山甲、攀桂坊，西街辖一甲至十甲及曾井甲、红杏坊、社甸甲、百果围和乌蓼沙。民国元年（1912），嘉应州改为梅县后，县城仍辖东街、西街2堡。民国20年（1931），由堡改为区乡，县城辖地有附城镇、城内、忠孝里、百果围、黄坭墩、红杏坊、下圣母、乌蓼沙乡。民国26年（1937），梅县整编区乡，县城称为梅城镇。1949年5月梅县解放，在设置新政区时，县城仍称梅城，政区则称城内区。1950年3月，复称梅城镇。1958年9～11月，实行公社化，梅城镇改称梅城卫星人民公社。1959年1月改名梅城人民公社。1975年8月，梅城镇改为梅州镇（仍隶属梅县）。1978年12月，梅州镇从梅县分出，由区级升格为县级，改称梅州市，隶属梅县地区管辖。1982年，梅州市基层政区设东区、中区、西区、南区4个办事处和东郊、西郊、江南、梅江4个公社，下辖32个居民委员会、29个生产大队、395个生产队。1983年6月，梅县和梅州市合并，称梅州市，同年9月改称梅县市。县、市合并后，江南公社撤销，并入南区，在城区设南区、东区、中区、西区。1983年11月，人民公社建制撤销，恢复区乡村建制，取消人民公社名称，基层政权以原有公社改为区，设区公所。生产大队或联队改为乡，设乡人民政府；按农民居住聚落点和自然村建立村民委员会，作为基层群众性自治组织。梅县市共设31个农村区、4个市区街道办事处、1个直辖区级镇；区以下设271个乡、10个乡级镇、34个居委会；乡以下设849个村。1987年4月，区、小乡建制被撤销，改设乡（镇）制。梅县共设10个乡、22个镇、4个市区街道办事处（8月增设北区，共5个市区）。下辖451个村、61个居民委员会、5395个村民小组。1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市；3月，梅县市建置撤销，原梅县市的行政区分设为梅县和县级梅江区，梅江区由原梅县市城区5个办事处（金山、东山、黄塘、五洲、江南）和城郊5个乡镇（城北、东郊、西郊乡和长沙、三角镇）组建而成，为梅州市直辖县级区，治所在梅城江北仲元东路51号。1989年，黄塘办事处因城区有上黄塘、下黄塘、黄塘居委等名称，容易混淆，经省政府批准，将黄塘办事处改名城西办事处。1998年，按省政府规定，理顺农村基层管理体制，撤销管理区办事处，设立村民委员会。全区5个农村乡镇60个管理区办事处改设60个村民委员会。1999年，经省政府批准，撤销城北乡、东郊乡、西郊乡建制，设立城北镇、东郊镇、西郊镇。2002年7月，经省政府批准，梅江区部分镇、办行政区划进行调整。撤销东山街道办事处、东郊镇将其行政区域并入金山街道办事处，撤销西郊镇、城西街道办事处，设立西郊街道办事处，撤销五洲街道办事处，将其行政区域并入城北镇。调整后，梅江区辖长沙、三角和城北3个镇和金山、西郊、江南3个街道办事处，下辖54个村民委员会和38个社区居民委员会。2012年9月23日，经省人民政府同意，省民政厅印发《广东省民政厅关于同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖的批复》，同意梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖。调整后，梅州市梅江区辖长沙、三角、城北、西阳4个镇和西郊、金山、江南3个街道办事处。至2024年1月，梅江区辖长沙、三角、城北、西阳镇4个镇和西郊、金山、江南3个街道办事处，下辖81个村民委员会和50个社区居民委员会。